Zgodnie z § 1 rozporządzenia, kierownik jednostki organizacyjnej zapewnia funkcjonariuszowi Służby Celno-Skarbowej bezpieczne i higieniczne warunki służby m.in. przez: 1) zapewnienie pełnienia służby w budynkach i pomieszczeniach, które spełniają wymagania i normy odpowiednie do rodzaju wykonywanych czynności oraz liczby funkcjonariuszy; 2) właściwe utrzymanie budynków, w tym znajdujących się w nich pomieszczeń i stanowisk służby, a także terenów i urządzeń z nimi związanych, w tym instalacji, oraz pojazdów; 3) stworzenie właściwych warunków higieniczno-sanitarnych oraz udostępnienie funkcjonariuszom niezbędnych środków higieny osobistej; 4) zorganizowanie właściwego na danym stanowisku służbowym wyposażenia technicznego gwarantującego bezpieczne wykonywanie czynności służbowych i spełniającego wymagania określone w odrębnych przepisach.
Funkcjonariuszowi pełniącemu służbę w okresie zimowym (tj. od 1 listopada do 31 marca) na wolnym powietrzu przez co najmniej 4 godziny dziennie zapewnia się możliwość odpowiednio częstego zastąpienia go przez innego funkcjonariusza albo ogrzania się.
Przed rozpoczęciem wykonywania zadań na określonym stanowisku służbowym funkcjonariusz odbywa przeszkolenie w zakresie bezpieczeństwa i higieny służby oraz przepisów przeciwpożarowych. Funkcjonariusz odbywa szkolenia wstępne: 1) ogólne przeprowadzane przed podjęciem służby przez funkcjonariusza; 2) stanowiskowe przeprowadzane przed dopuszczeniem funkcjonariusza do wykonywania czynności służbowych oraz w przypadku zmiany warunków pełnienia służby związanej z występowaniem innych zagrożeń lub w przypadku zmiany wyposażenia technicznego funkcjonariusza. Podczas szkolenia oraz ćwiczeń w zakresie stosowania środków przymusu bezpośredniego organizator szkolenia oraz prowadzący ćwiczenia mają obowiązek zapewnić bezpieczną realizację poszczególnych elementów ćwiczeń.
W zakresie profilaktycznej ochrony zdrowia kierownik jednostki organizacyjnej: 1) dokonuje oceny i dokumentuje ryzyko zawodowe oraz informuje funkcjonariuszy o ryzyku zawodowym, jakie wiąże się z wykonywanymi przez nich czynnościami służbowymi; 2) kieruje funkcjonariusza na badania mające na celu określenie braku przeciwwskazań zdrowotnych do pełnienia służby na określonym stanowisku, a w przypadku stwierdzenia takich przeciwwskazań określa funkcjonariuszowi inne stanowisko służbowe.
W przypadku otrzymania orzeczenia o chorobie zawodowej funkcjonariusza kierownik jednostki organizacyjnej: 1) bada, w porozumieniu z właściwym organem Państwowej Inspekcji Sanitarnej, przyczyny, charakter i rozmiary zagrożenia powodującego chorobę; 2) przystępuje do usuwania czynników powodujących powstanie choroby; 3) określa funkcjonariuszowi inne stanowisko służbowe zgodnie z orzeczeniem o chorobie zawodowej.